วันที่ 29 เมษายน 2563 ผู้สื่อข่าวรายงานว่า จากสถานการณ์การแพร่ระบาดของโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 หรือ โควิด-19 พล.อ.พรพิพัฒน์ เบญญศรี ผู้บัญชาการทหารสูงสุด ได้อนุมัติให้กองร้อยทหารช่างเฉพาะกิจ ผลัดที่ 1 จำนวน 273 นาย ซึ่งนำโดย พ.อ.บุรินทร์ ธีระวัฒนวิศิษฎ์ ผู้บังคับกองร้อยทหารช่างเฉพาะกิจสหประชาชาติไทย ที่เดินทางไปปฏิบัติภารกิจรักษาสันติภาพที่สาธารณรัฐเซาท์ซูดาน ในนามสหประชาชาติ ตามมติคณะรัฐมนตรี (ครม.) เมื่อปี 2560 เป็นเวลา 1 ปี ระหว่าง ธ.ค. 2561 ถึง ธ.ค. 2562 ให้เลื่อนสับเปลี่ยนกำลังออกไปถึงเดือนกรกฎาคม หรือไม่เกินเดือนสิงหาคม 2563 จึงส่งผลให้กองร้อยทหารช่างเฉพาะกิจผลัดที่ 1 เป็นกองกำลังทหารไทยที่ปฏิบัติงานนอกประเทศยาวนานที่สุดคือ 1 ปี 7 เดือน

นอกจากนี้ ยังมีรายงานข่าวว่า ปัจจุบันไวรัสโควิด-19 ได้แพร่ระบาดมาถึงเซาท์ซูดาน มีผู้ป่วยขณะนี้ 34 ราย กองร้อยทหารช่างเฉพาะกิจได้ปฏิบัติตามมาตรการพิทักษ์กำลังพลของกองทัพบกให้ปลอดภัยจากโควิด-19 อย่างเคร่งครัด โดยก่อนหน้านี้ยังได้รับมอบหมายงานจากองค์การสหประชาชาติ หรือ ยูเอ็น ให้สร้างอาคารคัดแยกคัดกรองผู้ป่วยโควิด-19 แห่งแรกของเซาท์ซูดาน ให้แล้วเสร็จเพียงเวลา 10 วัน และยังได้ปฏิบัติงานช่างอื่นๆ ในค่ายสหประชาชาติเมืองจูบา เซาท์ซูดาน พร้อมกำหนดมาตรการป้องกันโรคระบาดของยูเอ็นอย่างเคร่งครัด อาทิ การทำงานต้องมีจุดให้ล้างมือ มีเจลแอลกอฮอล์ และที่สำคัญ Social Distancing ทั้งนี้ การแพร่ระบาดโควิด-19 ในซูดาน เป็นเรื่องที่น่าห่วงเนื่องจากระบบสาธารณสุขภายในประเทศยังไม่ดีเท่าที่ควร

สำหรับภารกิจการปรับปรุงเส้นทางพร้อมกับการสร้างถนนในเซาท์ซูดาน ของกองร้อยททหารช่างเฉพาะกิจไทย ดำเนินการเสร็จเรียบร้อยแล้ว 580 กิโลเมตร จากทั้งสิ้นกว่า 1,000 กิโลเมตร โดยมีหลายประเทศร่วมก่อสร้างตามภารกิจสันติภาพและปรับปรุงเส้นทางในนามองค์การสหประชาชาติ ตั้งแต่เดือนธันวาคม 2561 มาจนถึงปัจจุบัน.